Create db from fasta file:

formatdb -p F -i EST_Clade_A.fasta -n EST_Clade_A

This will create a 3 files: EST_Clade_A.nhr, EST_Clade_A.nin, EST_Clade_A.nsq. If you omit the -n option, it will create EST_Clade_A.fasta.nhr, EST_Clade_A.fasta.nin, EST_Clade_A.fasta.nsq
Blast example:

blastall -p blastn -i EST_Clade_C_1.fasta -d EST_Clade_A  -e 25